Isi piagam mencakup tuntutan mengenai, desentralisasi, pemerataan pembangunan, perbaikan anggaran militer, dan profesionalisasi Angkatan Darat.

Tidak ada satu pasal pun yang menyerukan pemisahan diri. Permesta memposisikan diri sebagai gerakan penyeimbang, bukan pemberontakan separatis layaknya DI/TII atau RMS. Analisis Audrey R. Kahin dan George Kahin mempertegas bahwa Permesta adalah “kritik struktural” terhadap pusat.

Rivalitas Para Jenderal adalah  sisi yang terlupakan, ketegangan internal Angkatan Darat menjadi sisi lain dari dinamika Permesta. Alm. Jenderal A. H. Nasution ingin mengembalikan kendali komando ke pusat. Sebaliknya, perwira daerah terutama Kawilarang merasa kebijakan mutasi dan promosi diwarnai kepentingan politik.

Dalam memoarnya untuk Sang Merah Putih, Kawilarang mengakui bahwa kritiknya mengenai gaya kepemimpinan pusat yang “terlalu Jawa-sentris” menimbulkan ketidaknyamanan di lingkaran elite militer.

Ketika Geopolitik masuk, CIA dan Perang Dingin di Sulawesi dimulai, dimana, pada 1958 situasi berubah drastis. Permesta mendapat dukungan rahasia dari CIA sebagai bagian dari strategi Amerika Serikat membendung komunisme. Konflik memuncak ketika pesawat bomber B-26 yang dipiloti tentara bayaran AS, Allen Lawrence Pope, ditembak jatuh AURI di Ambon.

Kehadiran Pope membuka tabir bahwa Permesta terseret ke panggung Perang Dingin sebuah dinamika yang bahkan tidak diperkirakan para perwiranya.

Suara dari Manado “Kami Tidak Ingin Merdeka, Kami Ingin Didengar”. Meski Manado menjadi pusat gerakan, para tokoh gereja, pedagang, dan pemuda menyatakan kesetiaan pada Republik. Banyak delegasi dikirim ke Jakarta untuk menjaga komunikasi. Hubungan rakyat dengan pemerintah pusat tetap terjaga, menepis anggapan bahwa Permesta identik dengan separatisme.